U držitele osvědčení je průběžně, nejméně ale 1x za dva roky, ověřováno dodržování zásad správné laboratorní praxe a to Ministerstvem životního prostředí zřízenou právnickou osobou pro ověřování zásad (NIO SLP, Středisko pro posuzování způsobilosti laboratoří ASLAB, Výzkumný ústav vodohospodářský T. G. Masaryka, veřejná výzkumná instituce) formou periodických kontrol testovacího zařízení nebo auditu studií. Kontrola dodržování zásad u držitele osvědčení je možná i mimo periodickou kontrolu na žádost správního orgánu.
Pokud podle čl. 17 nařízení Evropského parlamentu a Rady (ES) č. 1013/2006 není podáváno nové oznámení, ministerstvo může na základě oznámení změny v přeshraniční přepravě rozhodnout o změně vydaného rozhodnutí.