Metodický pokyn uveřejněný ve Věstníku Ministerstva životního prostředí, ročník XXXV, březen 2025, částka 1 (č. j. MZP/2025/080/291) „Postup hodnocení vlivů koncepcí a záměrů na evropsky významné lokality a ptačí oblasti“, který nahrazuje Metodický pokyn Ministerstva životního prostředí ČR uveřejněný ve Věstníku MŽP, listopad 2018, částka 8 (č. j. MZP/2018/130/847), kterým se upravuje postup posouzení prováděného podle § 45i zákona č. 114/1992 Sb., o ochraně přírody a krajiny, ve znění pozdějších předpisů, v rámci postupu podle zákona č. 100/2001 Sb., o posuzování vlivů na životní prostředí a o změně některých souvisejících zákonů (zákon o posuzování vlivů na životní prostředí), ve znění pozdějších předpisů.
Ve Věstníku Ministerstva životního prostředí (částka 1, ročník XXXV) bylo vydáno „Metodické sdělení k náležitostem posouzení vlivů územního rozvojového plánu podle § 45i odst. 2 zákona č. 114/1992 Sb., o ochraně přírody a krajiny, ve znění pozdějších předpisů“ a to na základě skutečnosti, že aktuálně platné znění vyhlášky 142/2018 Sb., o náležitostech posouzení vlivu záměru a koncepce na evropsky významné lokality a ptačí oblasti a o náležitostech hodnocení vlivu závažného zásahu na zájmy ochrany přírody a krajiny (dále jen „vyhláška“) náležitosti posouzení územního rozvojového plánu podle § 45i zákona č. 114/1992 Sb. doposud neupravuje. Do doby přijetí novely vyhlášky, která by měla zahrnovat mj. právě náležitosti posouzení územního rozvojového plánu se použije postup popsaný v metodickém sdělení.
Metodický pokyn MŽP uveřejněný ve Věstníku MŽP č. 11/2007 a upravující způsob vyhodnocení významnosti vlivů plánovaných koncepcí a záměrů hodnocených v procesech SEA/EIA z pohledu Natury 2000.
Metodický materiál pro vypracování "naturového" hodnocení, který na základě pětiletých zkušeností s hodnocením u všech skupin předmětů ochrany území soustavy Natura 2000 shrnuje problémy s hodnocením a uvádí pravidla pro jejich řešení a u vybraných předmětů ochrany dále podává podrobnější metodický návod k vyhodnocení významnosti vlivů záměrů a koncepcí.