Zákon o náhradách škod
Vyplácení náhrad škod způsobených vybranými živočichy (dle zákona č. 115/2000 Sb.) lze považovat za specifický způsob ochrany těchto druhů. Kompenzace vzniklé škody vede k vyšší toleranci problematického, byť přirozeného, způsobu chování vybraných druhů. Jedná se zejména o predační chování vlka obecného, medvěda hnědého a rysa ostrovida vůči domestikovaným (hospodářským) zvířatům či vydry říční na rybích obsádkách. Nemalé škody jsou působeny také na lesích a dřevinách bobrem evropským, výjimečně i losem evropským.
Tento způsob ochrany, kdy stát na sebe přijímá zodpovědnost za škody způsobené druhy, které má za cíl chránit a zachovat je ve volné přírodě, je v souladu s mezinárodními úmluvami v oblasti ochrany přírody, ke kterým se Česká republika zavázala.
Kromě zmíněného medvěda, vlka, rysa, vydry, bobra a losa se přechodně vyplácí škody působené kormoránem velkým. I přes to, že není od roku 2013 zvláště chráněným druhem, dochází k opakovanému prodlužování období vyplácení škody. Aktuálně je na základě novelizace zákona č. 428/2023 Sb. období vyplácení škod prodlouženo do roku 2026.
Při vzniku škody musí poškozený nahlásit škodu do 48 hodin od jejího zjištění, a to místně příslušnému orgánu ochrany přírody, tedy buď úřadu obce s rozšířenou působností nebo v chráněné krajinné oblasti AOPK ČR nebo v národním parku příslušné správě NP. Tento orgán provede vždy místní šetření a sepíše o škodě protokol. Žádost o náhradu škody podává poškozený vždy u krajského úřadu, stejně jako dokládá výši škody, která mu byla způsobena. Náhrada škody je poskytována ze státního rozpočtu. Více informací týkající se uplatnění náhrad škod na hospodářských zvířatech a o možnostech preventivních opatření je možné najít na samostatných stránkách AOPK ČR Návrat vlků.

Schéma postupu v případě zjištění škody.
Při implementaci zákona o náhradách škod hrají důležitou roli také preventivní opatření. Bez těchto opatření může docházet k necílenému vlivu na chování predátorů, zejména u vlků, kteří se mohou „naučit“ chodit pro snadno dostupnou kořist, nejčastěji nechráněná stáda ovcí. Preventivní opatření před útoky velkých šelem lze financovat za podpory Operačního programu Životní prostředí 2021-2027.

Účinným preventivním opatřením, před útoky velkých šelem na hospodářská zvířata, je pastevecký pes (autor: Dana Bartošová, AOPK ČR).
Prováděcí vyhláška č. 126/2021 Sb. zákona upřesňuje způsob výpočtu výše škod způsobených vybranými zvláště chráněnými živočichy. Aktuálně lze zahrnout do škody i náklady na léčbu zraněných zvířat či odvoz uhynulých zvířat do kafilerie.
Ceníky
Pro způsobené škody zveřejňuje MŽP doporučené ceníky pro stanovení výše škod na vymezených domestikovaných (hospodářských) zvířatech a škod na rybích obsádkách.