Protokol o vodě a zdraví (v českém jazyce ke stažení zde (PDF, 143.1 KB)
) navazuje na Úmluvu o vodách, jejíž je Česká republika smluvní stranou. Protokol je však formulován tak, že každý jednotlivý stát může Protokol ratifikovat, aniž by k Úmluvě o vodách přistoupil.
Sjednání Protokolu bylo iniciováno Hospodářskou a sociální radou OSN, Evropskou hospodářskou komisí, Regionálním úřadem pro Evropu Světové zdravotnické organizace a Setkáním stran Úmluvy o vodách. Protokol byl otevřen k podpisu na Třetí ministerské konferenci o životním prostředí a zdraví, konané ve dnech 16. - 18. června 1999 v Londýně a organizované Regionálním úřadem pro Evropu Světové zdravotnické organizace. Za Českou republiku jej podepsal tehdejší ministr zdravotnictví MUDr. Ivan David, CSc., dne 17. června 1999. Ratifikace Protokolu Českou republikou byla dokončena v roce 2001. Prováděním Protokolu v České republice byl pověřen ministr zdravotnictví ve spolupráci s ministry životního prostředí a zemědělství podle usnesení vlády č. 706 ze dne 12. července 2000.
Protokol vstoupil v platnost dne 4. srpna 2005 a k 1. září 2014 měl 36 signatářů. Gestorem implementace Protokolu v ČR je Ministerstvo zdravotnictví. Odbor ochrany vod MŽP spolupracuje při jeho implementaci. Dne 9. dubna 2008 byly vládou vzaty na vědomí cíle Protokolu za ČR vypracované mezirezortní Pracovní skupinou pro stanovení a hodnocení cílů Protokolu. Celkem bylo stanoveno 35 cílů pokrývajících celé spektrum oblastí definovaných Protokolem (s výjimkou těch oblastí, kde je již situace v ČR vyřešena nebo je na uspokojivé úrovni). V roce 2020 byly výše uvedené cíle aktualizovány. Zatím poslední, 6. zasedání smluvních stran Protokolu o vodě a zdraví, se konalo ve dnech 16. – 18. listopadu 2022 opět v Ženevě.
Zasedání smluvních stran Protokolu se konají každé tři roky. První z nich se uskutečnilo v lednu 2007 v Ženevě, ve Švýcarsku.